Korzystanie z KSeF wiąże się z koniecznością dostosowania swoich systemów informatycznych, a w szczególności oprogramowania księgowego. Najważniejszą kwestią jest zweryfikowanie, czy stosowany system posiada pole do wpisywania danych koniecznych dla faktury ustrukturyzowanej. Kolejnym ważnym punktem jest połączenie własnego systemu z KSeF oraz przeprowadzenie testów całego procesu na wszystkich jego etapach, takich jak m.in. wystawienie faktury i weryfikacja danych.
W celu ułatwienia całego procesu Ministerstwo Finansów opublikowało roboczą strukturę logiczną systemu. Dostawcy oprogramowania spoza naszego kraju mają też dostęp do dokumentacji struktury w języku angielskim.W osobnym artykule opisujemy na czym polega rejestrowanie faktur w KSeF.